Scicluna, que continuará no comando da igreja católica de Malta, foi promotor (fiscal) da justiça na Congregação para a Doutrina da Fé, tendo sido membro desta instituição, então presidida pelo cardeal Joseph Ratzinger, até 2015, quando foi nomeado arcebispo.

O arcebispo de Malta é considerado um dos maiores especialistas na área do abuso sexual por parte do clero e já foi encarregado de investigar, em 2005, o fundador dos Legionários de Cristo, o mexicano Marcial Maciel, que foi condenado por abuso sexual.

Scicluna também foi escolhido pelo sacerdote espanhol Jordi Bertomeu, oficial da Congregação para a Doutrina da Fé, para investigar as suspeitas que recaiam sobre o bispo chileno de Osorno, Juan Barros, de ter encoberto casos de abuso sexual praticados pelo padre Fernando Karadima durante anos.

Em 2011, o Vaticano condenou Karadima por abuso sexual a menores de idade e obrigou-o a "relegar-se a uma vida de oração e penitência".

Depois da sua viagem em janeiro ao Chile e ao Peru, o papa Francisco encarregou Scicluna de desenvolver investigações.

No Chile, o papa pediu perdão pelos crimes de pedofilia cometidos por membros da Igreja Católica no país, referindo que sentiu “dor e vergonha” diante do “dano irreparável” causado às crianças vítimas de abuso sexual, mas defendeu o bispo chileno Juan Barros afirmando que as acusações eram calúnias.

Mais tarde, e depois do resultado das investigações de Scicluna, que se deslocou ao Chile em fevereiro como enviado especial do Vaticano para ouvir as alegadas vítimas, o papa retratou-se e convocou os bispos do Chile para uma reunião de emergência para discutir o escândalo, que afetou a sua reputação e a da igreja chilena.

Depois de ler o relatório, que inclui 64 testemunhos, o papa pediu a colaboração do clero chileno "no discernimento das medidas que, a curto, médio e longo prazo, deveriam ser adotadas para restabelecer a comunhão eclesial".

O papa marcou ainda um encontro no Vaticano com algumas vítimas, antes da reunião com os bispos chilenos que decorreu na terceira semana de maio.

A 18 de maio todos os bispos chilenos apresentaram a sua renúncia ao papa Francisco depois de três reuniões com o pontífice.

As investigações judiciais sobre casos de abuso sexual na Igreja do Chile levaram à abertura de 139 processos que indiciam a existência de 245 vítimas, estando em investigação um total de 190 pessoas.

Esta atualização dos números relaciona-se com o aumento gradual das denúncias recebidas pelos diferentes promotores do Chile sobre a participação de pessoas relacionadas ao clero em casos alegados de abuso sexual, poder, confiança, pedofilia ou ocultação.

Em dois meses, aumentaram quase todos os números de investigados: agora há oito bispos, 105 sacerdotes, 5 diáconos, 29 religiosos (não sacerdotes), 10 leigos e 21 pessoas não identificadas.

No início de agosto, num gesto de transparência da Igreja chilena, a Conferência Episcopal do Chile publicou uma lista com os nomes de bispos, sacerdotes e diáconos condenados, pela Justiça Civil ou Canónica por abuso sexual de menores.