Nas alegações finais do julgamento que começou em 2014, o Ministério Público pediu a condenação do antigo vice-reitor da UNI Rui Verde e de Lima de Carvalho, acionista maioritário da Sociedade Independente para o Desenvolvimento do Ensino Superior (SIDES), da empresa detentora da extinta UNI, por abuso de confiança, falsificação, burla, fraude fiscal e outros crimes.

O antigo reitor da UNI Luís Arouca, que esteve no banco dos réus no decurso do primeiro julgamento, faleceu em novembro de 2014.

O julgamento teve de ser repetido devido à morte da juíza auxiliar Ana Wiborg, no verão de 2012, obrigando a nova produção de prova em audiência.

Em fevereiro de 2009, o MP acusou, no âmbito do processo da Universidade Moderna, 26 arguidos de diversos crimes de natureza económico-financeira, e deduziu um pedido de indemnização cível contra cinco arguidos, de montante superior a um milhão de euros.

A crise na UNI começou com suspeitas de irregularidades no funcionamento da instituição, tendo-se verificado, em fevereiro de 2007, sucessivas reviravoltas no controlo da instituição e da empresa SIDES, que detinha a universidade, revelando fações em litígio.

A instituição foi encerrada a 31 de outubro de 2007 na sequência de dois processos: um de caducidade de reconhecimento de interesse público e outro de encerramento compulsivo por manifesta degradação pedagógica.