Distinguido pela composição de "Os Canibais", o 'filme-ópera' de Manoel de Oliveira, João Paes foi também diretor da antiga Rádio Cultura (atual Antena 2), presidente da Juventude Musical Portuguesa e responsável pela programação musical da Lisboa 94 - Capital Europeia da Cultura, na área da música erudita.

João Carlos de Freitas Branco Paes nasceu em Lisboa, em 19 de janeiro de 1928, formou-se em Engenharia Eletrotécnica, pelo Instituto Superior Técnico, e privilegiou sempre a atividade no campo da música, tendo sido aluno de composição de Joly Braga Santos (1924-1988), por sua vez um discípulo de seu tio, o compositor Luiz de Freitas Branco (1890-1955).

João Paes foi diretor artístico do Teatro Nacional de São Carlos, entre 1974 e 1981, tendo aberto o palco do teatro lírico a óperas contemporâneas do século XX, como "Lulu", de Alban Berg, "Billy Budd", de Benjamin Britten, "Os Diabos de Loudun", de Krzysztof Penderecki, e "Elegy for Young Lovers", de Hans Werner Henze.

Promoveu igualmente a estreia de produções operáticas portuguesas como "Canto da Ocidental Praia", de António Victorino d'Almeida, em 1975, "Em Nome da Paz", de Álvaro Cassuto, em 1978, e a "Trilogia das Barcas", de Joly Braga Santos, em 1979.

Como compositor, destaca-se em particular o trabalho de João Paes como autor de música original para filmes de Manoel de Oliveira como "Benilde ou a Virgem Mãe" (1974), "Amor de Perdição" (1976-1978), "Francisca" (1980), "Le Soulier de Satin" (1984-1985), "O Meu Caso" (1986) e "Os Canibais" (1987), a ópera que dedicou ao realizador, que este transpôs para cinema e pela qual recebeu o prémio de melhor banda sonora, no Festival Internacional de Sitges, em Espanha.

A relação com Manoel de Oliveira, que o Dicionário do Cinema Português define de "uma fidelidade e simbiose singulares", colocou igualmente João Paes como consultor musical do cineasta, em filmes como "O Passado e o Presente" (1971).

Na área do cinema, João Paes também fez crítica, durante a década de 1960, para a revista O Tempo e o Modo e para o Jornal de Letras e Artes.

Conselheiro Cultural da Embaixada de Portugal em Washington, a partir de 1982, durante essa década foi também fundador da Orquestra Régie-Sinfonia, diretor de programação musical da Lisboa 94 - Capital Europeia da Cultura, membro do Conselho Nacional de Cultura, de 1994 a 1998, e presidente ou membro do júri de concursos internacionais de Canto, Composição e Direção de Orquestra, em concursos realizados em Portugal, Espanha, França, Itália e Suíça.

Quando em meados de 1990 assumiu a direção da Rádio Cultura - designação da Antena 2 durante a sua gestão, que manteve durante dois anos -, João Paes somava perto de três décadas de atividade na rádio portuguesa, tanto na produção e realização, como no trabalho de expansão da rede de emissores e retransmissores, para a cobertura do país.

A partir dos anos de 1960, foi responsável por programas como "Três séculos de ópera", "A ópera do século XX", "O anel de Wagner nos Festivais de Bayreuth", "Shakespeare e a música", "Debussy e o Simbolismo".

Na década de 1990, foi um dos principais colunistas do jornal Público, como crítico de música e, em particular, de ópera.

Na sua ação, quer como diretor do teatro lírico português e da "rádio clássica" nacional, quer como programador, conferencista ou autor de programas, teve sempre como objetivo a divulgação musical, a sensibilização para os diferentes repertórios e a procura de novos públicos.

No Teatro de São Carlos tomou a iniciativa de promover os ensaios gerais de portas abertas e de realizar sessões comentadas, em colaboração com a Juventude Musical Portuguesa, no contexto dos “ciclos de música viva”.

Foi também durante a sua direção que este teatro acolheu o pianista Bill Evans, num concerto histórico do compositor de "Waltz for Debby", acompanhado pelo contrabaixista Eddie Gomez, em 1975, que foi igualmente o primeiro concerto deste teatro na área do jazz.

“O que pretendemos é chamar o público jovem a concertos, óperas, ou seja ao que for, a tudo aquilo que represente uma cultura musical viva”, disse, numa entrevista de 1973, à revista da Juventude Musical Portuguesa.

João Paes era neto do matemático e antigo Presidente português Sidónio Paes e também sobrinho do maestro Pedro de Freitas Branco (1896-1963). Era tio do compositor e pianista Bernardo Sassetti (1970-2012).