Entrou para o curso de aeronáutica em 1948, frequentou um curso de piloto nos Estados Unidos e desempenhou funções nas bases aéreas de Monte Real e do Montijo. Foi mobilizado para a então chamada Índia Portuguesa, em 1960, e uma década depois estava na Guiné-Bissau, em 1971, já durante a guerra colonial.

No dia do golpe de estado do 25 de Abril de 1974 Lemos Ferreira era chefe de repartição do Estado-Maior da Força Aérea e em 1975 é nomeado subchefe do Estado-Maior da Força Aérea para o Pessoal.

No 25 de Novembro, movimento militar que pôs fim ao período revolucionário, esteve da Região Militar Norte, do lado dos "moderados", com outro militar, Pires Veloso, numa altura em que vários líderes políticos, como Mário Soares, optaram por deslocar-se para o Porto.

Em novembro de 1989, com o fim da sua carreira militar, foi presidente do Conselho de Gerência na Aeroportos e Navegação Aérea (ANA).

Segundo biografia no site da Força Aérea, ao longo da sua carreira "foi agraciado com diversos louvores" e condecorações: Grã-Cruz da Ordem Militar da Torre e Espada do Valor, Lealdade e Mérito, Grã-Cruz da Ordem Militar de Cristo, Grã-Cruz da Ordem Militar de Avis, Comendador da Ordem Militar de Avis, Medalha de Prata de Valor Militar com palma, Medalha de Ouro de Serviços Distintos, Grã-Cruz da Medalha de Mérito Militar, as Medalhas de Mérito Militar de 2ª e 3ª Classe, a Medalha de Mérito Aeronáutico de 1.ª Classe, as Medalhas de Ouro e Prata de Comportamento Exemplar e a Medalha Comemorativa das Campanhas.

Foi ainda condecorado com a Grã-Cruz da Ordem do Cruzeiro do Sul, pelo Brasil, a Grã-Cruz da Ordem de Mérito, pela Itália, a Grã-Cruz da Ordem de Mérito Aeronáutico com Distintivo Branco e Oficial da Ordem de Mérito Aeronáutico com Distintivo Branco, pela Espanha, a Grã-Cruz da Ordem de Mérito, pela República Federal Alemã, a Comenda de Mérito, pelos Estado Unidos da América, Oficial da Ordem de Fénix, pela Grécia e Oficial da Ordem Nacional de Mérito, pela França.

"Notável personalidade da vida militar portuguesa"

O Presidente da República lamentou hoje a morte do general Lemos Ferreira, ex-chefe de Estado-Maior-General das Forças Armadas (CEMGFA), que lembrou como "uma notável personalidade da vida militar portuguesa".

Numa nota publicada do "site" da Presidência da República, Marcelo Rebelo de Sousa recordou o general pela sua "forte liderança" e "uma firme postura institucional e carismática", além de "uma visão inovadora e corajosa".

José Lemos Ferreira "moldou a Força Aérea do século XXI, criando e edificando uma verdadeira revolução na instituição, engrandecendo-a e adaptando-a aos novos desafios", lê-se na nota.

O Chefe do Estado, que é, por inerência, comandante supremo das Forças Armadas, assinalou ainda que o ex-CEMGFA "foi várias vezes agraciado pelo Estado português"