O acórdão declarou nula a sentença do Tribunal Criminal de Lisboa "por falta de indicação dos factos alegados na contestação, em sede de matéria de facto provada ou não provada, e por falta de fundamentação […], devendo os autos baixar à primeira instância para que o tribunal profira sentença".

A Relação entendeu, com base na contestação apresentada pelo arguido, Carlos Bernardes, que "nenhum facto alegado foi dado como provado ou como não provado", e que "os factos alegados foram simplesmente ignorados" pelo Tribunal de Lisboa.

Este tribunal de segunda instância colocou em causa a condenação pelo crime de contrafação, por o arguido não se ter apropriado de uma obra, mas de excertos de várias fontes.

Segundo o acórdão, as provas sustentadas num relatório, que comparou a tese com os textos originais, "foram erradamente apreciadas e são inaptas para a verificação do dolo" pelo tribunal.

Houve, no entender da Relação, "erro metodológico" pelo arguido, ao não indicar as referências bibliográficas das fontes consultadas, não tendo ficado provado que tenha existido plágio.

Carlos Bernardes recorreu da sentença em que tinha sido condenado a pagar uma multa de 5.000 euros pelo crime de contrafação na tese de doutoramento, defendendo que, explicou na altura o seu advogado, Tiago Bastos,"uma coisa é alguém fazer sua uma ideia alheia, outra coisa é utilizar uma ideia alheia e não referenciar a sua autoria ou a fonte consultada".

Para o advogado, esta falha não coloca em causa a inovação e originalidade de uma tese de doutoramento, nem constitui crime de contrafação.

Ao recurso, o Ministério Público opôs-se, considerando que a "matéria de facto dada como provada é suficiente para a decisão, não se verificando qualquer erro notório na apreciação da causa".

Carlos Bernardes foi condenado a 500 dias de multa à taxa diária de 10 euros, num montante global de 5.000 euros, pelo crime de contrafação na tese de doutoramento, em fevereiro de 2020.

Ao ler então a sentença, a juíza disse que "o tribunal deu como provados todos os factos" da acusação do crime de contrafação, após recorrer a um programa informático que permitiu comparar os textos.

As suspeitas de plágio, inicialmente denunciadas num artigo de opinião pelo ex-vereador da Câmara Jorge Ralha no jornal Badaladas, foram comunicadas por três pessoas ao Ministério Público, que, em fevereiro de 2017, abriu um inquérito.

Nesse ano, a Universidade de Lisboa anulou a deliberação do júri na prova de doutoramento de Carlos Bernardes, com base num relatório que concluiu que a tese "não é original", mas "plágio académico", pela "utilização fraudulenta de obras alheias".

Em abril de 2019, o Ministério Público acusou Carlos Bernardes de contrafação, por alegado plágio de 40 textos originais na sua tese de doutoramento "As linhas de Torres, um destino turístico estratégico para Portugal", que foi defendida em dezembro de 2015 e obteve aprovação pelo júri.

O Tribunal de Instrução Criminal de Lisboa decidiu em outubro de 2019 levar o autarca a julgamento.