Nas alegações finais do julgamento que começou em 2014, o Ministério Público pediu a condenação de Rui Verde e de Lima de Carvalho, acionista maioritário da Sociedade Independente para o Desenvolvimento do Ensino Superior (SIDES), da empresa detentora da extinta UNI, por abuso de confiança, falsificação, burla, corrupção, fraude fiscal e branqueamento de capitais.

O antigo reitor da UNI Luís Arouca, que esteve no banco dos réus no decurso do primeiro julgamento, faleceu em novembro de 2014.

O julgamento teve de ser repetido devido à morte da juíza auxiliar Ana Wiborg, no verão de 2012.

O MP considerou ainda provado que Elsa Velez, da contabilidade da SIDES, o advogado Horta Osório, Humberto Florêncio, Mota Veiga, Mafalda Arouca, Frederico Arouca, Joaquim Oliveira, Rui Oliveira, Maria Manuel Magalhães e Carlos Patrício, entre outros arguidos, praticaram os crimes económicos que lhes são imputados.

Em fevereiro de 2009, o MP acusou 26 arguidos por um conjunto de crimes de natureza económico-financeira, e deduziu um pedido de indemnização cível contra cinco arguidos, de montante superior a um milhão de euros.

A crise na UNI começou com suspeitas de irregularidades no funcionamento da instituição, tendo-se verificado, em fevereiro de 2007, sucessivas reviravoltas no controlo da instituição e da empresa SIDES, que detinha a universidade, revelando fações em litígio.

A instituição foi encerrada a 31 de outubro de 2007 na sequência de dois processos: um de caducidade de reconhecimento de interesse público e outro de encerramento compulsivo por manifesta degradação pedagógica.